Магнитният сепаратор работи на принципа на хидроциклон, комбиниран с магнитно и механично отстраняване на примеси. Течността от отоплителната система, постъпваща в камерата на сепаратора, се завърта във вихрово движение и се подлага на магнитно поле за отделяне на магнитните частици. Твърдите примес..